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一、蛋白質大規模鑒定（LC-MS/MS SHOTGUN)分析：

1999年，Yates研究組提出“鳥槍法”(shotgun)，其基本技術路線是針對液體或SDS-PAGE條帶的復雜混合物用酶（Trypsin）酶解成肽段混合物，然后對肽混合物進行多維毛細管液相色譜分離和串聯質譜分析以及數據庫檢索，從而確定蛋白質的種類，可同時鑒定成百上千種蛋白質。他們把這種思路稱為多維蛋白質鑒定技術，即Mud PIT(multidi-mensional protein identification technology)。與傳統的雙向電泳技術相比具有靈敏度更高，動態檢測范圍更廣等特點。研究對象是完整的組織、體液或其提取物，其目的在于鑒定出盡可能多的肽和蛋白質分子。將溶液內蛋白質分子或SDS-PAGE條帶的復雜混合物酶解成肽段混合物，通過液相色譜分離，如2D-LC（陽離子柱SCX和C18反相柱串聯）或1D-LC的C18反相柱，串聯質譜測試，最后用相應的數據庫進行檢索匹配，可同時鑒定成百上千種蛋白質。