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項(xiàng)目介紹


宏基因組學(xué)(Metagenomics)研究通過(guò)全基因組鳥(niǎo)槍法(Whole  Genome Shotgun，WGS)測(cè)序策略，將提取獲得的微生物組總DNA隨機(jī)打斷為短片段，并構(gòu)建合適長(zhǎng)度的插入片段文庫(kù)，對(duì)這些文庫(kù)進(jìn)行雙端(Paired-end，PE)高通量測(cè)序，從而能精細(xì)地展示整個(gè)菌群的功能代謝譜和物種精細(xì)組成譜，進(jìn)而在組成和功能水平分別挖掘關(guān)鍵生物標(biāo)記物，從原理上闡明微生物群落在生態(tài)系統(tǒng)中發(fā)揮作用的根本機(jī)制。

技術(shù)路線：

樣品要求

1.DNA：DNA濃度>20ng/ul，體積大于20ul；并確保DNA無(wú)降解，無(wú)污染；

2.環(huán)境樣本：土壤5-10 g，污泥/沉積物5-10 g，水體-濾膜過(guò)濾至有可見(jiàn)覆蓋物，糞便3-5 g，血液10 mL；

3.樣本處理時(shí)，需避免污染，保存期間切忌反復(fù)凍融，且需要干冰寄送的樣本，請(qǐng)?zhí)崆白孕袦?zhǔn)備干冰。

項(xiàng)目案例

基于GraPhlAn的樣本總體分類等級(jí)樹(shù)圖

種水平的優(yōu)勢(shì)微生物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)圖

Top50差異物種的聚類熱圖

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