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PSEA分析

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PSEA分析

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項(xiàng)目介紹

PSEA（Protein Set Enrichment Analysis）與傳統(tǒng)的富集分析不同，傳統(tǒng)的富集分析更加依賴差異蛋白，這涉及到差異閾值的設(shè)定，存在一定主觀性并且只能用于顯著差異的蛋白富集。而PSEA則不局限于差異蛋白，從蛋白集的富集角度出發(fā)，理論上更容易囊括細(xì)微但協(xié)調(diào)性的變化對生物通路的影響，故能兼顧差異較小的蛋白尤其是差異倍數(shù)不太大的蛋白集。可選的富集功能為 Gene Ontology功能，KEGG通路。

分析方法

使用GSEA軟件對所有蛋白在比較組中表達(dá)量的變化 Ratio 值進(jìn)行排序，排序之后的蛋白列表頂部可以看作是上調(diào)蛋白，底部是下調(diào)蛋白。PSEA分析的是一個(gè)功能集下的所有蛋白在這個(gè)排序列表的頂部或者底部富集，如果在頂部富集，該功能集是上調(diào)趨勢；反之，如果在底部富集，則是下調(diào)趨勢。

樣品要求

詳情請聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

項(xiàng)目案例