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蛋白功能注釋

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項目介紹

對感興趣的蛋白進行功能注釋，以便于理解這些蛋白的各種生物學(xué)意義。功能注釋包括：Gene Ontology 功能，KEGG 通路，蛋白結(jié)構(gòu)域，亞細胞定位，Complex ( 復(fù)合體 )，COG/KOG 注釋。

Gene Ontology分析

GO 分析是一種能夠?qū)⒒蚺c基因產(chǎn)物（如蛋白質(zhì)）的各項信息有機聯(lián)系在一起的生物信息學(xué)分析方法，包括 Biological Process（生物進程），Cellular Component（細胞組成），Molecular Function（分子功能）。主要來源于 UniProt-GOA 數(shù)據(jù)庫，并使用 InterProScan 預(yù)測進行補充注釋。

KEGG通路注釋

KEGG 是系統(tǒng)分析蛋白和化合物在細胞中的代謝途徑以及蛋白功能的數(shù)據(jù)庫。使用 KEGG 在線服務(wù)工具 KAAS 和 KEGG mapper 獲取 KEGG 通路注釋的結(jié)果。

蛋白結(jié)構(gòu)域注釋

蛋白結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)中在序列上具有保守性，且一般情況下可以獨立行使功能的特定蛋白區(qū)域，與蛋白質(zhì)完成生理功能有著密切的關(guān)系，經(jīng)常被用于蛋白質(zhì)分子進化和功能學(xué)的研究。我們基于 Pfam、SMART 和 Interpro 等數(shù)據(jù)庫提供蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能注釋信息。

亞細胞定位

蛋白質(zhì)只有轉(zhuǎn)運到正確的位置才能參與細胞的各種生命活動，我們對真核生物和原核生物分別使用 wolfpsort 軟件和 CELLO 軟件預(yù)測蛋白質(zhì)的亞細胞結(jié)構(gòu)定位信息。

Complex(復(fù)合體)

蛋白復(fù)合體是由兩個以上功能相關(guān)的蛋白通過二硫鍵或其它蛋白質(zhì)相互作用所形成的復(fù)合物。蛋白復(fù)合體種類繁多，很多性質(zhì)和功能還未研究透徹，是蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究對象。我們基于 CORUM 網(wǎng)站進行蛋白質(zhì)復(fù)合體的注釋（僅針對人和小鼠兩個物種）。

COG/KOG注釋

COG，即 Clusters of Orthologous Groups of proteins。構(gòu)成每個 COG 的蛋白都是被假定為來自于一個祖先蛋白，并且因此或者是直系同源蛋白（orthologs）或者是旁系同源蛋白（paralogs）。原核生物的一般稱為 COG 數(shù)據(jù)庫；真核生物的一般稱為 KOG 數(shù)據(jù)庫。基于 COG/KOG 數(shù)據(jù)庫進行蛋白質(zhì)功能注釋，可以準確地確定 orthologs 和 paralogs。

樣品要求

詳情請聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

項目案例

學(xué)術(shù)文章

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