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    蛋白質(zhì)功能富集分析

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    蛋白質(zhì)功能富集分析

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    項(xiàng)目介紹

         高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析往往會(huì)得到大量差異表達(dá)蛋白，簡(jiǎn)單的統(tǒng)計(jì)很難將這些差異蛋白與某個(gè)待研究的生物學(xué)現(xiàn)象及其潛在機(jī)制聯(lián)系起來(lái)。功能富集分析可以幫助我們快速?gòu)凝嬰s的組學(xué)數(shù)據(jù)中發(fā)掘規(guī)律，期望發(fā)現(xiàn)在生物學(xué)過程中起關(guān)鍵作用的生物通路，從而揭示和理解生物學(xué)過程的基本分子機(jī)制。

    方法

          富集分析采用 Fisher 精確檢驗(yàn)方法檢測(cè)待測(cè)功能集在差異蛋白中是否顯著富集。這些功能集可以是 Gene Ontology 功能、KEGG 通路、蛋白結(jié)構(gòu)域、Complex（復(fù)合體）等。富集分析結(jié)果通常用富集程度（fold enrichment），富集顯著性（p value）兩個(gè)特征來(lái)描述差異蛋白在指定功能集中的富集情況，當(dāng) p value < 0.05 時(shí)認(rèn)為富集是具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的。

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    項(xiàng)目案例

    顯著富集 GO 功能氣泡圖

    GO 功能有向無(wú)環(huán)網(wǎng)絡(luò)圖

    蛋白質(zhì)功能富集分析

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