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免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗原抗體之間的專一性作用為基礎用于確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。當細胞在非變形條件下被裂解時，完整細胞內存在許多蛋白質-蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果用預先固化在agarose beads上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來，再通過蛋白質變性分離，對B蛋白進行檢測，以證實兩者存在相互作用。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合，也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。